雲林縣為我國養豬產業重鎮，轄區內根據中央畜產會107年11月統計報告，豬場共計1213場(佔全國16.75%)，在養豬隻頭數為1,491,233頭(佔全國27.38%)為全國之最。

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因此，在豬隻疾病診斷、免疫效力評估、病原鑑定、藥物敏感試驗以提供安全用藥建議及進行養豬戶與相關人員教育輔導，以維護豬隻健康、增加產能及促進養豬經濟效益之目的，臺灣大學獸醫專業學院動物疾病診斷中心於民國108年8月15日正式成立雲林分部。雲林縣縣長張麗善、臺大醫院雲林分院副院長劉宏輝、臺大獸醫專業學院院長鄭謙仁、臺大植物教學醫院院長洪挺軒與雲林縣府農業處長張鴻猷、雲林縣動植物防疫所所長廖培志等各界先進蒞臨揭牌。

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本中心雲林分部主要目的為針對畜禽產業疾病防治與飼養管理，提供優質的診療服務。自 108 年 8 月起先針對「豬隻」血清學監測、疾病診斷及現場飼養管理輔導與建議等進行服務，預計明年進而推廣到本縣家禽、草食及水產動物等相關產業動物疾病診治與飼養管理，進行輔導及防治服務。